7.3 外部分析结果的注入 EMP_inject

与传统的封闭式分析工具不同，EMP采用了一种"开放封装"的设计——在保持数据容器封装优势的同时，允许用户将外部其他分析工具的结果导入到容器内进行协同EasyMultiProfiler内的分析结果进行联合分析。

🏷️示例：可以将外部vegan包计算多样性结果导入EMPT对象内。

Step1：提取微生物的物种注释数据。

tax_se <- MAE |> 
  EMP_assay_extract('taxonomy')

assay_data <- tax_se |> 
  EMP_assay_extract(action = 'get')

Step2：使用vegan包计算shannon多样性指数，并命名为new_shannon。

assay_data <- assay_data |> tibble::column_to_rownames('primary')
shannon_index <- vegan::diversity(assay_data,index = 'shannon') 
new_result <- tibble::tibble(primary=names(shannon_index),new_shannon=shannon_index)
new_result

注意：
新增结果中的名称不允许与已经在数据结果内存在的名称重复，否则会导致模块EMP_filter无法正常使用。例如，在本示例中需要将外部结果的shanon指数更名为new_shannon, 从而避免与EMP_alpha_analysis的结果名称重复。

Step3：在分析流程中将外部数据结果导入并进行分析。

 obj |>
   EMP_inject(value = new_result,value_name = 'new_alpha',
              affect_when_sample_changed=0,
              affect_when_feature_changed=1,
              attribute='primary',
              attribute2='normal',source='user_import') |>
   EMP_filter(sample_condition  = new_shannon >2)

7.3 EMP_inject

7.3 外部分析结果的注入 EMP_inject

results matching ""

No results matching ""